I principali obiettivi che l'Agenzia si propone sono:
- promuovere e sviluppare la donazione di organi;
- promuovere la collaborazione e l'integrazione tra i centri di trapianto autorizzati;
- centralizzare i servizi comuni e attivare azioni per superare le criticità e le carenze esistenti nel Lazio;
- promuovere la ricerca scientifica nel campo dei prelievi e dei trapianti d'organo e tessuti;
- formare e aggiornare - direttamente o in collaborazione con Università e altri Enti, il personale medico, tecnico e infermieristico;
L'Agenzia, inoltre, svolge attività di sensibilizzazione dell'opinione pubblica sul valore morale e sociale della donazione, anche in collaborazione con altri Enti e Associazioni di volontariato tramite campagne di informazione, conferenze, workshop, seminari di studio ed altre iniziative.